Kolmanda vatsakese on üks neljast ajuvatsakestega et üksteisega suhelda. Nagu ka teised aju vatsakesed, on see täidetud tserebrospinaalvedelikuga, mis aitab kaitsta aju vigastuste eest ning transportida toitaineid ja jäätmeid. Kolmas vatsake on kitsas õõnsus, mis asub aju kahe poole vahel.
Kolmas vatsakese saadab sõnumeid ja võtab vastu teateid vatsakeste kohta, mis asuvad kolmanda vatsakese ees, ja keskmise aju akveduktist, mis asub otse kolmanda vatsakese taga. Hüpotalamus ja talamus asuvad kolmanda vatsakese külgedel.
Kolmanda vatsakese kõrvalekalded on seotud mitmesuguste seisunditega, sealhulgas hüdrotsefaalia, meningiit ja ventrikuliit. Hüdrotsefaalia on aju liigne vedeliku kogunemine. Meningiit on aju ja seljaaju katvate membraanide põletik, ventrikuliit on aga vatsakeste põletikuline seisund. Meningiiti ja ventrikuliiti võivad mõlemad põhjustada vatsakese, sealhulgas kolmanda vatsakese trauma, kuigi traumaatiline meningiit on harva esinev.
Laienenud kolmandat vatsakest on seostatud psühhiaatriliste haigustega nagu skisofreenia; selle teooria täpsust pole siiski lõplikult tõestatud.
